A ARA-Norte, IP, tem a seguinte estrutura:
- Divisão de Gestão da Bacia Hidrográfica do Rovuma (DGBR), com sede na Cidade de Lichinga;
- Divisão de Gestão das Bacias Hidrográficas do Messalo e Montepuez (DGBM), com sede na Cidade de Pemba;
- Divisão de Gestão da Bacia Hidrográfica do Lúrio (DGBL), com sede no Distrito de Cuamba;
- Divisão de Gestão da Bacia Hidrográfica do Licungo e Bacias Costeiras (DGBLIC), com sede no Distrito de Mocuba;
- Gabinete de Assuntos Jurídico;
- Gabinete de Auditoria e Controle Interno;
- Departamento de Recursos Hídricos;
- Departamento de Obras Hidráulicas e Manutenção;
- Departamento de Administração e Recursos Humanos;
- Departamento de Serviço ao Utente;
- Repartição de Planificação e;
- Repartição de Aquisições.